ウェブサイトで2 段階認証が表示した場合の対応方法を知りたい 　例）オーセンティケータアプリで生成されたコードを入力する場合

別のアプリで生成されたコードが必要となるため、対応が難しくなりますが、記憶コマンド内の「実行中に入力」を使用することで対応が可能かと思われます。
その部分だけ人の目でワンタイムパスワードを確認し、入力、OKと押すとシナリオが再開するという流れになります。